La Jonquera al llarg del segles XVII, XVIII i XIX va haver de patir els estralls causats per les guerres amb França, amb invasions i entrades de tropes continus al llarg dels anys anteriors i posteriors al tractat del Pirineus. Durant el segle XIX, a part de la Guerra del Francés, van tenir lloc les guerres Carlines. És per aquest motiu de la Jonquera es va fortificar amb la construcció d’una nova muralla que envoltava el nucli antic i l’eixample, i amb el reforçament de les torres del Carmanxel i del Serrat de la Plaça.

La Torre del Carmanxel, a part de servir per la defensa de la Vila durant les Guerres Carlines del Segle XIX,  es va utilitzar com a element final de la línia de telegrafia òptica de Catalunya.

En l’actualitat s’utilitza com a refugi del GR11 i del camí de Sant Jaume, i està gestionat pel Centre Excursionista Jonquerenc.